C’est le Schéma départemental de gestion cynégétique qui règlemente la pratique de l’agrainage.
Pour le sanglier : afin de répondre à l’objectif de dissuasion, l’agrainage de dispersion en ligne (à la volée et en traînée) dans les zones boisées est autorisé toute l’année, sans distance particulière vis-à-vis des cultures ou des bordures forestières. Cependant, il est conseillé de ne pas agrainer à proximité immédiate des cultures afin de ne pas offusquer le monde agricole. Dans les réserves de chasse, il ne peut avoir lieu que dans le cadre d’une convention avec la Fédération départementale des chasseurs du Jura.
Par principe, l’agrainage à poste fixe est interdit (notamment pendant la période d’exercice de la chasse), mais la mesure d’agrainage à la volée n’étant pas applicable sur l’ensemble du département compte tenu des contraintes géographiques, climatiques et de temps pour le détenteur de droit de chasse, l’agrainage à poste fixe pourra être autorisé sur certaines unités de gestion, en concertation avec le monde agricole, après autorisation et signature d’une convention qui précisera les lieux d’implantation, les modalités de suivi, d’agrainage et de prévention des dégâts aux cultures.
Pour la chasse au gibier d’eau : l’agrainage du gibier d’eau est autorisé dans le Jura dans le cadre d’une convention passée entre le détenteur du droit de chasse et la fédération : en fonction de la configuration des lieux, les modalités par rapport au tir seront précisées.
Pour le petit gibier : il est conseillé de laisser les agrainoirs pleins toute l’année, même en période estivale. Par exemple, le faisan est un oiseau ingrat : s’il ne trouve plus de nourriture, il ira sur un territoire voisin, qui aura fourni suffisamment de grains.