Depuis 1997, la Fédération des chasseurs du Jura (FDCJ) développe des projets d’acquisition, de gestion et de réhabilitation de milieux naturels.
La plupart de ces projets ont pu être concrétisés grâce à la Fondation pour la Protection des Habitats de la Faune Sauvage. Cette Fondation, créée en 1979 et reconnue d’utilité publique en 1983, vise l'acquisition d'espaces naturels dans l'objectif de les préserver et/ou les restaurer. La gestion de ces espaces, dont la superficie varie de quelques hectares à plusieurs dizaines, a un but environnemental. Elle est confiée à la Fédération départementale des chasseurs du département concerné qui en supporte le coût. D’autres projets sont portés uniquement par la FDCJ ou en partenariat étroit avec des Communes ou des ACCA. En 2020, la FDCJ s'occupe ainsi de la gestion de 25 sites sur l'ensemble du département du Jura, constitués de milieux différents tels que des étangs, mares, tourbières, marais, prairies et/ou boisements humides. Une animation foncière est mise en place autour des sites en gestion afin d'agrandir la portée de nos actions de gestion et/ou de restauration.